Penebangan kayu skala besar dimulai tahun 1972 ketika pemerintah memberikan ijin kepada 4 perusahaan PT Cirebon Agung and PT Sumber Surya Semesta di Siberut Utara dan PT Carya Pharmin Pulau Siberut dan PT Kayu Siberut di Siberut Selatan. Antara 1972-1993, 3 dari 4 perusahaan tersebut telah memanen total 130,650 ha hutan dengan jumlah produksi 746,155 m3 kayu.

Penebangan kayu berhenti pada tahun 1993-1999. Menteri Kehutanan mengeluarkan surat ijin yang merangsang perubahan fungsi dan status kawasan hutan. Perubahan status dan fungsi kawasan hutan menjadi jalan masuk bagi penebangan komersial fase kedua. Beberapa bulan setelah ada perubahan itu, 11 konsesi untuk penebangan kayu dan perkebunan kelapa sawit diajukan untuk memanfaatkan area seluas 274,500 ha (68.1% dari total luasan Siberut). 

Sejak tahun 2000, dua perusahaan kayu mendapatkan konsesi penebangan di Siberut. PT Koperasi Andalas Mandiri (KAM), mendapatkan konsesi seluas 45,650 ha dan PT Salaki Summa Sejahtera (SSS), mendapatkan jatah penebangan hutan 49,000 ha. Disebabkan oleh masalah internal dan perlawanan masyarakat serta tekanan dari aktivis konservasi, PT KAM hanya bertahan selama 7 tahun (2001-2007). 

Pemerintah daerah juga berperanan besar dalam eksploitasi hutan. Dengan alasan otonomi daerah, kabupaten Kepulauan Mentawai mengeluarkan peraturan daerah yang memberikan ijin bagi perusahaan kayu. IPK (Ijin Pemanfaatan Kayu) diberikan bupati kepada perusahaan lokal. Perusahaan ini mendapatkan modal dari pengusaha di kota-kota besar di Indonesia. Seringkali ijin ini tanpa melalui konsultasi pemerintah pusat. IPK ini berhenti pada tahun 2005 setelah terdapat larangan dari pemerintah pusat dan tekanan dari LSM dan masyarakat.

Perusahaan kayu yang masih beroperasi adalah PT SSS, di bagian utara Siberut. Meskipun demikan, eksploitasi hasil hutan non-kayu terus berlangsung oleh masyarakat. Rotan dan gaharu adalah produk hutan yang paling banyak diekstrak. 

Penebangan kayu memberikan dampak buruk bagi Siberut. sejak tahun 1980an kawasan hutan yang terdegradasi semakin luas. Degradasi ini tidak diimbangi dengan usaha menghutankan kembali selain masalah ekonomi sosial. Sementara itu hasil hutan seperti gaharu diperkirakan akan punah secara ekologis dalam beberapa waktu mendatang dan rotan manau berada dalam status eksploitasi berlebihan.